Anno del Signore 1625. A Roma governa Urbano VIII, Milano è sotto il dominio spagnolo. Girolamo Svampa, sempre più deciso a chiudere i conti con il suo nemico mortale, Gabriele da Saluzzo, viene coinvolto nell'indagine più pericolosa della sua vita. Il rapimento di una benedettina, figlia del fedele bravo Cagnolo Alfieri, lo porta nella città ambrosiana, dove si imbatte in due enigmi.
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Il primo riguarda il cadavere pietrificato di una religiosa. Il secondo una monaca murata in una cripta per aver commesso crimini innominabili: suor Virginia de Leyva, la celebre Monaca di Monza. Quest'ultima sembra informata su particolari che potrebbero svelare il mistero della pietrificazione, e inizia a esercitare sull'inquisitore un pericoloso ascendente. Vittima dopo vittima, incalzato dal cardinale Federigo Borromeo - e aiutato da Cagnolo, dall'enciclopedico padre Capiferro, ma soprattutto dalla bella e audace Margherita Basile - lo Svampa scoprirà che il segreto della trasmutazione in pietra risale alle avventure occorse a un pellegrino in Egitto. E ritroverà sulla sua strada un rivale abilissimo che potrebbe risultare impossibile da sconfiggere.
